Le stage de fin d'étude du certificat s'effectue au sein du service de génie biomédical d'un centre hospitalier universitaire. La nature du travail attendu du stagiaire est approuvée conjointement par le coordonnateur du stage et le service de génie biomédical qui reçoit. Le centre hospitalier doit identifier une personne responsable de l'encadrement du stagiaire qui travaillera en étroite collaboration avec le coordonnateur du stage (professeur responsable du cours). Le stagiaire devra rédiger un carnet de bord hebdomadaire, un rapport d'étape et un rapport final.